В период нахождения у руля СССР Н.С. Хрущёва положение Русской Православной Церкви (далее - РПЦ) снова накренилось в сторону явного ухудшения. Эпоха т.н. "хрущёвских гонений" не была кровавой, массовых репрессий не было, но церковь старались задушить административно, экономически, а также разложить изнутри. Созданный в 1943 г. для взаимодействия советского правительства с Патриархией Совет по делам РПЦ (который возглавляли и курировали начальники из аппарата госбезопасности) бесцеремонно вмешивался во все дела Церкви, для проведения любого церковного мероприятия требовалось получить санкцию председателя Совета или его уполномоченного в Ленинграде. В угоду идеологическим установкам по всей стране снова оказались закрытыми сотни церквей. Под давлением государства архиереев стали часто перемещать с кафедры на кафедру, чтобы не возникали прочные связи с клиром и мирянами.
Так, после кончины 27.03.1959 митрополита Ленинградского и Ладожского Елевферия (1955-1959, в миру В.А. Воронцова) за 4 года сменилось 4 архиерея. Первым из них на кафедре митрополита Ленинградского и Ладожского стал Питирим II (Свиридов), затем (1960) его место занял Гурий (Егоров), в 1963 г. митрополитом Ленинградским и Новгородским стал Никодим II (Ротов).
Однако, несмотря на притеснения, которые приходилось переносить духовенству, период 1960-х гг. был временем активной внешнецерковной деятельности.
В частности, при содействии владыки Никодима Русская православная церковь вступила в 1961 г. во Всемирный Совет Церквей. (До этого РПЦ всячески уклонялась от участия в этой организации, называя её "Вавилоном"). Никодим особо благоволил Римской Католической Церкви: часто служил с католическими священниками; при нём в храме Ленинградской Духовной Академии служили мессу. С другой стороны, благодаря его гибкости и дипломатичности Академию удалось уберечь от неминуемого закрытия. (Акции помешало то, что к моменту запланированного закрытия это крупнейшее духовное образовательное учреждение РПЦ уже приобрело международный авторитет в высших церковных кругах и его закрытие непременно имело бы громкий и нежелательный для советского руководства резонанс).
В 1963 г. в Ленинградскую Духовную Академию и Духовную Семинарию по направлению Учебного комитета РПЦ были приняты африканские студенты - для обучения русскому языку и богословским дисциплинам. Этот шаг послужил началом создания при Академии отделения иностранных студентов (официальной датой его учреждения считается 1965 г., когда было принято соответствующее решение Священного Синода РПЦ). Тогда иностранное отделение Академии именовалось "Факультетом африканской христианской молодёжи".
Высокий уровень преподавания, разрабатываемые специально для студентов-иностранцев методики и программы, а также внимание к Факультету высших иерархов РПЦ создали ему солидную репутацию в церковном мире.
Для получения высшего богословского образования в Ленинградскую Духовную Академию стали приезжать студенты со всего мира - из стран Латинской Америки, Азии, Восточной и Западной Европы. (Поэтому позднее название этого структурного подразделения Академии было обобщено - оно стало именоваться Факультетом иностранных студентов).
Спасённая Академия стала центром нового экуменического направления - движения за объединение всех христианских церквей (его цель: достижение вероисповедного единства христиан). Самые способные её студенты уже в 1960-е гг. отправлялись в католические и протестантские богословские высшие учебные заведения Европы.
